风湿性疾病，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、硬皮病、皮肌炎等有自身免疫反应异常，抗原与抗体结合后，激活了补体，形成免疫复合物，而免疫复合物在血管壁组织或器官沉积造成损伤。因此，消除免疫复合物是防治自身免疫性疾病的重要措施。已有研究发现，微量元素硒可以抑制免疫反应中的补体活化，从而阻断免疫复合物的形成，所以有人提出微量元素硒用于治疗风湿免疫性疾病，但还需在大量的临床实践中加以证实。也有研究发现，微量元素锌在镁的作用下，抑制中性粒细胞的吞噬作用和趋化作用，因此建议用于治疗白塞病。
对于微量元素铜研究后发现，大多数治疗关节炎的药物与铜络合后抗炎作用明显增强。而且与铜络合的抗炎性药物还能防止胃、十二指肠溃疡病。微量元素与风湿性疾病的关系还有待研究，但应该指出给予过多的微量元素并非有益，相反会引起自身免疫性疾病。
