当水培大蒜苗出现腐烂根现象时，必须修剪掉腐朽的根须，更换未污染的水，以利于植株恢复生长。在后期养护过程中，应每隔7天更换蒜苗水，保持环境卫生和清洁。
水培蒜苗根部腐烂后，蒜苗根部需要修剪。首先要选择锋利的剪刀或刀片，用酒精棉布擦拭消毒，然后用剪刀剪掉蒜苗腐烂的根须，然后将草灰或多菌灵溶液涂在修剪过的伤口上，以帮助伤口愈合。
替换干净的水蒜苗在水培中腐烂的根源可能是由于不经常换水或水源污染所致，因此在修剪蒜苗后，必须更换未污染的天然水、纯水或富含矿物质的河流和湖水。在水培前，还可以对水培容器进行消毒，以避免容器内壁上的细菌。
通风透气水培蒜苗腐烂的根在水培环境中也可能通风不良，导致植株不能正常生长。因此，在水培蒜苗的生长过程中，必须有规律地通风和呼吸，保持环境的空气流通，及时切断生长过密的叶片，以改善植物间的通风。
后期养护在蒜苗后期养护中，应根据季节变化调整换水频率。春秋季节，蒜苗水分含量每七天可更换一次，夏季温度较高时，需每三天更换一次水分，以保证水培环境的卫生和清洁。
